Referát Československé dokumentační středisko 1948-1989 při Historickém muzeu Národního muzea vznikl v srpnu 2003 na základě darovací smlouvy mezi Národním muzeem a Československým dokumentačním střediskem, o. p. s., které je pokračovatelem exilového ČSDS nezávislé literatury, které bylo založeno v březnu 1986 ve Spolkové republice Německo.
Dokumentační středisko od svého vzniku spojovalo funkce literárního archivu, specializované knihovny a badatelského, studijního, informačního a publikačního zařízení.
Systematicky sbíralo svědectví o nezávislém myšlení a tvorbě v Československu po roce 1948, o nezávislých kulturních, politických a náboženských aktivitách.
ČSDS má rozsáhlé sbírky československého samizdatu. Je zde soustředěna knižní produkce československých exilových nakladatelství z období 1948-1989. Významnou část knihovny tvoří cizojazyčná literatura - fond překladů nezávislé tvorby českých a slovenských autorů, fond odborné bohemikální literatury a odborná literatura o střední a východní Evropě druhé poloviny minulého století. V knihovně je též fond polské samizdatové a exilové literatury.
V archivu jsou uloženy dokumentační sbírky písemné i nepísemné povahy, které vznikly díky soustavným badatelským a akvizičním aktivitám jeho dlouholetého vedoucího prof. Viléma Prečana. Jedná se hlavně o osobní fondy a pozůstalosti, písemnosti spolků, občanských iniciativ, institucí, politických stran, exilových nakladatelství a samizdatových dílen, novinové výstřižky, plakáty, fotografie, filmy, videozáznamy a audiozáznamy.
K badatelsky nejvíce využívaným archivním souborům patří Dokumentační sbírka Václava Havla, fond Rádia Svobodná Evropa, sbírky Charty 77 a VONSu, fond Československé sociální demokracie v exilu, Archiv Nadace Charty 77 ve Stockholmu, sbírka samizdatové a exilové literatury.
Orientace na získávání, zpracovávání a zpřístupňování svědectví a dokumentů nezávislého myšlení po roce 1948 a pozůstalosti významných osobností činných v disentu a exilu zůstává nadále akviziční prioritou činnosti Československého dokumentačního střediska 1948-1989.
Předností sbírek ČSDS je zejména to, že tu jsou na jednom místě soustředěny prameny umožňující studovat historii duchovního vzdoru jedné středoevropské země proti komunistické totalitě komplexně, v širokém mezinárodním kontextu.
Počet badatelů pracujících s archiváliemi, zvukovými nahrávkami a video nahrávkami činí průměrně 50 osob, kterým bylo předloženo cca 110 - 190 předmětů (na základě údaje z roku 2008).